نصب بایوپایتون

آموزش نصب بایوپایتون

مرحله ۱ – تأیید نصب پایتون

بایوپایتون برای کار با نسخه‌های پایتون ۲٫۵ یا بالاتر طراحی شده است. بنابراین  اجباری است که ابتدا پایتون نصب شود. دستور زیر را در خط فرمان خود اجرا کنید:

> python --version

در زیر تعریف شده است:  

 در صورت نصب صحیح نسخه پایتون را نشان می‌دهد. در غیر این صورت آخرین نسخه پایتون را دانلود کنید، آن را نصب کنید و دوباره دستور را اجرا کنید.

 مرحله ۲ – نصب Biopython با استفاده از pip

نصب بایوپایتون با استفاده از pip از خط فرمان در همه سیستم عامل‌ها آسان است. دستور زیر را تایپ کنید:

> pip install biopython

 پاسخ زیر روی صفحه شما مشاهده می‌شود:

برای به روزرسانی نسخه قدیمی بایوپایتون:

> pip install biopython –-upgrade

 پاسخ زیر روی صفحه شما مشاهده می‌شود.

پس از اجرای این دستور قبل از نصب نسخه‌های اخیر، نسخه‌های قدیمی  NumPy و Biopython حذف می‌شوند.

مرحله ۳ – تأیید نصب بایوپایتون

اکنون شما با موفقیت بایوپایتون را بر روی دستگاه خود نصب کرده‌اید. برای تأیید اینکه Biopython به درستی نصب شده است دستور زیر را روی کنسول python خود تایپ کنید.

این نسخه بایوپایتون را نشان می‌دهد.

 روش جایگزین – نصب بایوپایتون با استفاده از Source

• برای نصب بایوپایتون با استفاده از سورس کد، دستورالعمل‌های زیر را دنبال کنید:
• نسخه اخیر بایوپایتون را از لینک زیر دانلود کنید  https://biopython.org/wiki/Download
• هم اکنون آخرین نسخه biopython-1.72 است.
• فایل را دانلود کرده و فایل بایگانی فشرده شده را باز کنید، به پوشه سورس کد بروید و دستور زیر را تایپ کنید:

> python setup.py build

این بایوپایتون را از سورس کد به شرح زیر می‌سازد.

 اکنون، کد را با استفاده از دستور زیر آزمایش کنید:

> python setup.py test

در آخر، با استفاده از دستور زیر نصب را تکمیل کنید:

> python setup.py install