معرفی برنامه نویسی بایوپایتون

آموزش برنامه نویسی بایوپایتون

بایوپایتون ابزاری پیتون منبع باز است که عمدتاً در زمینه بیوانفورماتیک استفاده می‌شود. این آموزش اصول اولیه بستهBiopython، بررسی اجمالی بیوانفورماتیک، دستکاری توالی و رسم، ژنتیک جمعیت، تجزیه و تحلیل خوشه، تجزیه و تحلیل ژنوم، اتصال به پایگاه داده‌های BioSQL را مرور می‌کند و در پایان با چند مثال به پایان می‌رسد.  

نصب بایوپایتون

آموزش نصب بایوپایتون

مرحله ۱ – تأیید نصب پایتون

بایوپایتون برای کار با نسخه‌های پایتون ۲٫۵ یا بالاتر طراحی شده است. بنابراین  اجباری است که ابتدا پایتون نصب شود. دستور زیر را در خط فرمان خود اجرا کنید:

> python --version

در زیر تعریف شده است: 

برنامه‌نویسی بایوپایتون

معرفی برنامه‌نویسی بایوپایتون

بایوپایتون بزرگ‌ترین و محبوب‌ترین بسته بیوانفورماتیک برای پایتون است. این شامل چندین زیر ماژول مختلف برای کارهای رایج بیوانفورماتیک است. توسط چاپمن و چانگ توسعه‌یافته است که عمدتاً در پایتون نوشته‌شده است. همچنین شامل کد C برای بهینه‌سازی قسمت محاسبات پیچیده نرم‌افزار است. روی ویندوز، لینوکس، Mac OS X و غیره قابل‌اجرا است.  

آموزش نصب پایتون در مک، لینوکس، ویندوز، اندروید و ios موبایل

نصب یا به روزرسانی پایتون، اولین قدم برای تبدیل شدن به یک برنامه نویس پایتون است. روش‌های نصب بسیاری وجود دارد: شما می‌توانید نسخه‌های (توزیع‌های) رسمی پایتون را از Python.org  دانلود کنید، از یک پکیج منیجر نصب کنید و حتی نسخه‌های تخصصی برای محاسبات علم، اینترنت اشیا و سیستم‌های تعبیه شده نصب کنید.

این آموزش بر نسخه‌های رسمی متمرکز است، زیرا آنها بهترین گزینه برای شروع کار برای یادگیری برنامه نویسی در پایتون هستند. 

بهترین IDE پایتون چیست؟

انتخاب بهترین IDE پایتون به ویژگی‌های بسیاری همچون  سرعت، کارایی، قابلیت نصب پکیج‌ها، مصرف منابع، عیب یابی (دیباگ)، اشکال زدایی، هزینه و امکاناتی چون syntax highlighter،autocomplete و  snippet  بستگی دارد.

ویرایشگرهای کد پایتون برای توسعه دهندگان و برنامه نویسان طراحی شده‌اند تا کدهای پایتون رابه راحتی ایجاد  و رفع اشکال کنند.  

سفارشی‌سازی با Matplotlib

همان‌طور که قبلاً گفتیم seaborn بر روی matplotlib طراحی شده است و با اینکه امکانات بیشتری نسبت به matplotlib در اختیار ما قرار می‌دهد اما با این وجود گاهی به آن نیاز داریم.