آشنایی با NCBI

آشنایی با NCBI بانک‌های اطلاعاتی و نرم‌افزارها

آشنایی با NCBI تکمیل پروژه ژنوم انسان یکی از اهداف مهم بیوانفورماتیک که تحلیل توالی‌ها هست. اما رفته‌رفته با پیشرفت‌هایی که درزمینه بیوانفورماتیک حاصل شد احساس نیاز به یک پایگاه داده که تمام اطلاعات مربوط به‌توالی ژن‌ها و پروتئین‌ها را ذخیره و نگهداری کند بیشتر نمایان شد.  علم بیوانفورماتیک با بهره‌گیری از پایگاه‌های داده متعدد و نرم‌افزارهای مختلف امکان بررسی ساختار، عملکرد، تفاوت‌های توالی‌های متعدد به‌منظور مطالعات تکاملی و غیره را فراهم می‌نماید. تا به امروز اطلاعات مربوط به توالی‌های موجودات مختلف در پایگاه‌های داده ذخیره و برای اهداف گوناگون در اختیار محققین قرارگرفته است. همان‌طور که اشاره شد حفظ و نگهداری انبوه اطلاعات ژنتیکی به‌منظور دسترسی سریع محققین نیازمند پایگاه داده‌های زیستی یا بانک اطلاعاتی است. ازجمله پایگاه‌های داده اصلی می‌توان به GenBank، EMBL و DDBJ اشاره نمود که به ترتیب پایگاه داده GenBank توسط مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی آمریکا NCBI واقع در انستیتو ملی سلامت  NIH  مدیریت می‌شود. پایگاه داده EMBL توسط انستیتو بیوانفورماتیک اروپا  EBI  اداره می‌شود و پایگاه داده DNA DDBJ  توسط انستیتو ملی ژنتیک ژاپن اداره می‌شود. این پایگاه‌های داده به‌گونه‌ای طراحی‌شده‌اند که افزودن یا به‌روز کردن اطلاعات حتی توسط کاربران نیز امکان‌پذیر هست، لذا اطلاعات یا داده‌های جدید هر 24 ساعت بین این سه پایگاه داده اشتراک‌گذاری و مبادله می‌شود. پایگاه داده GenBank به‌عنوان جامع‌ترین پایگاه داده علاوه بر فراهم کردن مکانی برای ذخیره‌سازی اطلاعات، شامل انبوهی از مقالات علمی درزمینه زیست‌شناسی و علوم مرتبط اطلاعات مربوط به DNA ژنومی، اطلاعات مربوط به STS، اطلاعات مربوط بهGSS، اطلاعات مربوط به EST و غیره هست.

NCBI یا همان پایگاه داده GenBank از موتور جستجوی Entrez استفاده می‌کند که یک سیستم یکپارچه بازیابی اطلاعات هست و قادر به جستجوی هم‌زمان در بانک‌های مختلفی نظیرGenBank، ژنوم کامل انسان و سایر موجودات، پایگاه داده Refseq، PubMed، توالی‌ها و ساختمان پروتئینی، تاکسونومی، پایگاه داده بیماری‌های ژنتیکی OMIM  و سایر پایگاه‌های داده مشابه هست.