بهبود مدل‌سازی مبتنی بر توالی از خانواده پروتئین با استفاده از ارزیابی کیفیت ساختار ثانویه

انگیزه: مدل‌سازی توزیع توالی خانواده پروتئین از داده‌های توالی همولوگ موردتوجه قرارگرفته است به‌ویژه برای ساختار و عملکرد پیش‌بینی و همچنین برای طراحی پروتئین.   به‌طور خاص تجزیه‌وتحلیل اتصال مستقیم روشی برای استنباط فعل‌وانفعالات مؤثر جفتی بین باقی‌مانده نشان داده شده است که محدودیت‌های ساختاری مهم را به دست می‌آورد و توالی‌های پروتئینی کاربردی را با موفقیت تولید می‌کند. با استفاده از این مدل و دیگر مدل‌های گرافیکی چارچوبی جدید برای ارزیابی کیفیت ساختارهای ثانویه توالی‌های تولیدشده و با توجه به ساختارهای مرجع خانواده­هایی از آن­ها معرفی می‌گردد.

یافته‌ها: دو عملکرد امتیازدهی را توصیف می‌گرد که احتمال ساختار ثانویه یک توالی پروتئین را مطابقت با یک ساختار مرجع به نام Dot Product و Pattern Matching مشخص می‌کند. این نمرات بر روی جهش‌زایی پروتئین آزمایشی منتشرشده و مجموعه داده‌های طراحی آزمایش می‌گردد و در تشخیص توالی‌های غیر عملکردی بهبودی نشان داده می­شود. همچنین خواهیم دید که استفاده از این امتیازات به رد توالی‌های غیر عملکردی تولیدشده توسط مدل‌های گرافیکی که از ترازهای توالی همولوگ آموخته‌اند کمک می‌کند.

فایل pdf  مقاله را از اینجا دانلود نمایید.