بانک داده پروتئین

در زیست‌شناسی بانک داده پروتئین (Protein Data Bank) به‌اختصار PDB منبعی برای ساختارهای پروتئینی آزمایشگاهی و اسیدهای نوکلئیک است. هدف اکثر بانک‌های داده ساختار پروتئین عبارت است از دسترسی جامعه زیست‌شناسان به داده‌های آزمایشی، به‌منظور ساماندهی و تفسیر ساختار پروتئین‌ها. 

معرفی برنامه نویسی بایوپایتون

آموزش برنامه نویسی بایوپایتون

بایوپایتون ابزاری پیتون منبع باز است که عمدتاً در زمینه بیوانفورماتیک استفاده می‌شود. این آموزش اصول اولیه بستهBiopython، بررسی اجمالی بیوانفورماتیک، دستکاری توالی و رسم، ژنتیک جمعیت، تجزیه و تحلیل خوشه، تجزیه و تحلیل ژنوم، اتصال به پایگاه داده‌های BioSQL را مرور می‌کند و در پایان با چند مثال به پایان می‌رسد.  

نصب بایوپایتون

آموزش نصب بایوپایتون

مرحله ۱ – تأیید نصب پایتون

بایوپایتون برای کار با نسخه‌های پایتون ۲٫۵ یا بالاتر طراحی شده است. بنابراین  اجباری است که ابتدا پایتون نصب شود. دستور زیر را در خط فرمان خود اجرا کنید:

> python --version

در زیر تعریف شده است: 

برنامه‌نویسی بایوپایتون

معرفی برنامه‌نویسی بایوپایتون

بایوپایتون بزرگ‌ترین و محبوب‌ترین بسته بیوانفورماتیک برای پایتون است. این شامل چندین زیر ماژول مختلف برای کارهای رایج بیوانفورماتیک است. توسط چاپمن و چانگ توسعه‌یافته است که عمدتاً در پایتون نوشته‌شده است. همچنین شامل کد C برای بهینه‌سازی قسمت محاسبات پیچیده نرم‌افزار است. روی ویندوز، لینوکس، Mac OS X و غیره قابل‌اجرا است.